Cystite aiguë : symptômes, diagnostic et traitement antibiotique

La cystite aiguë est l’une des infections bactériennes les plus fréquentes chez la femme. C’est une infection de la vessie, généralement due à la remontée de bactéries de la flore intestinale par l’urètre. On estime que 40 à 60 % des femmes présentent au moins un épisode dans leur vie, et que 20 à 30 % d’entre elles connaîtront des récidives. Chez l’homme, la cystite reste rare et impose une exploration urologique. Les symptômes classiques sont les brûlures mictionnelles, la pollakiurie, les envies impérieuses, les douleurs sus-pubiennes, des urines troubles ou malodorantes et parfois une hématurie, le tout en l’absence de fièvre.

La cystite typique est une infection simple, non compliquée : elle survient chez une femme non enceinte, sans facteur de risque particulier, sans fièvre et sans douleur lombaire. Elle bénéficie aujourd’hui d’un traitement antibiotique court et bien codifié. Le germe le plus fréquent est Escherichia coli, en cause dans 75 à 85 % des cas, et le diagnostic repose sur la bandelette urinaire, qui recherche leucocytes et nitrites, confirmée par un ECBU lorsque c’est nécessaire. Le traitement de référence est la fosfomycine trométamol (Monuril) à 3 g en dose unique, les alternatives étant le pivmécillinam pendant 5 jours et la nitrofurantoïne ; l’amoxicilline est évitée en raison des résistances.

Il faut impérativement distinguer la cystite simple des situations plus graves : la cystite compliquée, qui concerne la femme enceinte, l’homme, l’enfant, les personnes immunodéprimées ou porteuses d’une uropathie ou d’une insuffisance rénale, et la pyélonéphrite aiguë, infection du rein marquée par la fièvre et la douleur lombaire. Ces situations relèvent d’une prise en charge différente et parfois urgente. La fièvre, la douleur lombaire ou l’un de ces terrains doivent donc faire suspecter une pyélonéphrite ou une cystite compliquée et orienter vers une prise en charge spécifique, ce que les sections suivantes détaillent.

Mécanismes et bactériologie

La grande majorité des cystites résultent de la remontée, par l’urètre, de bactéries provenant de la flore intestinale et périnéale. La brièveté de l’urètre féminin, de 3 à 4 cm contre 15 à 20 cm chez l’homme, explique la nette prédominance féminine de l’infection. Cette voie ascendante rend compte aussi de la plupart des facteurs favorisants, qui facilitent soit la colonisation du périnée, soit la progression des bactéries vers la vessie, soit leur persistance dans une vessie incomplètement vidée. Comprendre ce mécanisme aide à comprendre les mesures de prévention exposées plus loin.

Escherichia coli est responsable de 75 à 85 % des cas. Ce bacille à Gram négatif de la flore intestinale est uropathogène grâce à ses fimbriae, qui adhèrent à la muqueuse vésicale. Staphylococcus saprophyticus représente 5 à 10 % des cas, surtout chez la femme jeune sexuellement active. Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Enterobacter et Enterococcus sont plus rares et se rencontrent souvent chez des patients ayant des antécédents ou un terrain particulier. Pseudomonas aeruginosa et les entérobactéries multirésistantes se retrouvent dans les infections nosocomiales et récidivantes, ce qui change à la fois le pronostic et le choix de l’antibiotique.

Les facteurs favorisants sont nombreux. Les rapports sexuels sont à l’origine de la « cystite post-coïtale », et l’essuyage d’arrière en avant favorise la migration bactérienne. La rétention urinaire et les mictions incomplètes, la constipation chronique et des boissons insuffisantes entretiennent la stagnation des urines. La ménopause, par la carence œstrogénique, entraîne une sécheresse vaginale et une vulnérabilité de la muqueuse. La grossesse, un diabète mal contrôlé, une uropathie comme un calcul, un prolapsus ou une hypertrophie prostatique, un sondage vésical et une immunodépression sont d’autres facteurs reconnus. Des antécédents familiaux traduisent enfin des facteurs génétiques de susceptibilité.

Symptômes cliniques

Les symptômes typiques de la cystite simple associent des brûlures mictionnelles, ou dysurie, c’est-à-dire une sensation de brûlure durant la miction, une pollakiurie, qui désigne des envies fréquentes d’uriner avec de petits volumes, et des urgences mictionnelles, ou impériosités, correspondant à un besoin urgent et impérieux. Une douleur sus-pubienne, pesanteur ou brûlure au niveau de la vessie, et des urines troubles, parfois malodorantes, complètent le tableau. Une hématurie macroscopique, avec des urines rosées ou rouges, est présente dans 20 à 30 % des cas ; isolée dans le cadre d’une cystite simple, elle ne signifie pas une gravité particulière.

Certains signes doivent alerter et faire évoquer une cystite compliquée ou une pyélonéphrite. Une fièvre supérieure ou égale à 38,5 °C avec frissons évoque une pyélonéphrite, de même qu’une douleur lombaire unilatérale avec ébranlement lombaire douloureux. Des nausées, des vomissements et une altération de l’état général vont dans le même sens. Des symptômes persistant plus de 7 jours ou une récidive rapide, un sondage vésical récent et une résistance à un traitement bien conduit sont également des signaux d’alerte. Enfin, le terrain lui-même définit la complication : femme enceinte, homme, enfant, personne immunodéprimée ou insuffisante rénale.

Diagnostic

La bandelette urinaire est l’examen de première intention devant toute suspicion de cystite. Elle doit être réalisée sur des urines fraîches, recueillies en milieu de miction, après une toilette périnéale. Elle recherche les leucocytes, marqueur d’inflammation urinaire, et les nitrites, produit du métabolisme bactérien. Une bandelette positive, avec leucocytes et éventuellement nitrites, rend la cystite très probable et autorise un traitement empirique. Une bandelette négative rend le diagnostic peu probable et conduit à chercher une autre cause aux symptômes.

L’ECBU, examen cytobactériologique des urines, n’est pas systématique dans la cystite simple. Il est indiqué dans la cystite compliquée, la cystite récidivante, chez la femme enceinte, chez l’homme et chez l’enfant, en cas d’immunodépression, d’échec du traitement empirique ou de doute diagnostique. Les critères diagnostiques associent une leucocyturie supérieure ou égale à 10⁴/mL et une bactériurie supérieure ou égale à 10³ UFC/mL pour E. coli, ou à 10⁴ UFC/mL pour les autres germes. L’imagerie n’est pas systématique non plus : elle est indiquée dans les cystites récidivantes chez l’homme et en cas de suspicion d’uropathie, par échographie ou uroscanner selon le contexte.

Traitement de la cystite aiguë simple

Les recommandations actuelles de la SPILF et de la HAS [3] [4] placent en première ligne la fosfomycine trométamol (Monuril, Uridoz), à la dose de 3 g en prise unique par voie orale. Elle se prend à jeun, le soir, après avoir vidé la vessie. Elle est très efficace, les résistances sont faibles, et elle est bien tolérée. La simplicité de la prise unique assure une très bonne observance, ce qui est un avantage réel dans une infection où l’arrêt prématuré du traitement est fréquent. La deuxième ligne est le pivmécillinam (Selexid), à raison de 400 mg trois fois par jour pendant 5 jours.

La troisième ligne, en cas d’échec ou d’allergie, repose sur la nitrofurantoïne (Furadantine), à 100 mg trois fois par jour pendant 5 jours, dont les effets secondaires hépatiques et pulmonaires, rares mais graves, imposent une utilisation ponctuelle uniquement. Le céfixime (Oroken) est rarement utilisé aujourd’hui, en raison de la pression de sélection qu’il exerce sur les entérobactéries productrices de BLSE. Les fluoroquinolones, ciprofloxacine et ofloxacine, sont à éviter en première intention dans la cystite simple et relèvent d’un usage réservé.

Plusieurs antibiotiques ne doivent pas être utilisés en première intention. L’amoxicilline se heurte à une résistance d’E. coli supérieure à 40 % et est inefficace. L’amoxicilline-acide clavulanique est réservée à d’autres indications. Le cotrimoxazole fait face à une résistance croissante en France. Les fluoroquinolones sont à préserver, leur usage dans des infections bénignes compromettant leur efficacité dans des infections graves. Le choix de l’antibiotique n’est donc pas une affaire d’habitude mais d’écologie bactérienne.

Cystite récidivante

La cystite récidivante se définit par au moins 4 épisodes en 12 mois. Elle justifie une exploration urologique complémentaire, par échographie et éventuellement cystoscopie. Les mesures non médicamenteuses en sont la base : des boissons abondantes, d’au moins 2 litres par jour, des mictions régulières, toutes les 3 à 4 heures, et complètes, une miction après chaque rapport sexuel, un essuyage d’avant en arrière et le traitement d’une constipation. Les spermicides et les diaphragmes vaginaux, qui favorisent les récidives, sont à éviter, et les sous-vêtements en coton sont à préférer aux vêtements serrés.

Plusieurs traitements préventifs peuvent s’y ajouter. La canneberge, ou cranberry, contient des proanthocyanidines (PAC) qui inhibent l’adhésion d’E. coli ; son efficacité globale est modeste [5], mais elle peut réduire les récidives chez certaines femmes, à la dose de 36 mg de PAC par jour. Le D-mannose, sucre qui inhibe lui aussi l’adhésion d’E. coli, se prend à 2 g par jour et bénéficie de données préliminaires favorables. Les œstrogènes locaux, en ovules ou crèmes intravaginales, sont très efficaces après la ménopause. L’immunostimulation orale par Uro-Vaxom, extrait bactérien d’E. coli, a une efficacité modeste. L’antibioprophylaxie post-coïtale ou continue à faible dose reste rare et constitue la dernière ligne, et les probiotiques vaginaux à base de lactobacilles complètent l’arsenal.

Cas particuliers

Femme enceinte

La prise en charge est spécifique, avec un dépistage systématique par bandelette mensuelle. Toute bactériurie asymptomatique doit être traitée, en raison du risque de pyélonéphrite gravidique et de prématurité. L’ECBU avec antibiogramme est systématique, et l’antibiothérapie est adaptée : pivmécillinam, fosfomycine, ou nitrofurantoïne avant 6 mois. Les fluoroquinolones et le cotrimoxazole sont à éviter.

Homme

La cystite est rare chez l’homme et toujours considérée comme une infection urinaire « à risque de complication ». Un bilan urologique est systématique. L’antibiothérapie est prolongée, de 5 à 14 jours selon le contexte, par fluoroquinolone ou cotrimoxazole après antibiogramme. Une prostatite aiguë associée doit être recherchée devant une douleur pelvienne, une fièvre ou une dysurie sévère.

Enfant

Chez l’enfant, le bilan est systématique et comprend une échographie rénale et la recherche d’un reflux vésico-urétéral. La prise en charge relève d’une équipe pédiatrique spécialisée. L’enjeu est de ne pas méconnaître une malformation qui exposerait le rein à des infections répétées. Ce bilan se justifie dès le premier épisode.

Personne âgée

Les formes sont souvent atypiques, avec une confusion, une incontinence de novo ou des chutes. Il faut veiller à ne pas surtraiter les bactériuries asymptomatiques, qui ne relèvent d’aucun traitement, sauf pendant la grossesse ou avant un geste urologique. La présence de bactéries dans les urines d’une personne âgée sans symptôme n’est donc pas une infection à traiter. Cette règle évite des antibiothérapies inutiles et la sélection de résistances.

Cystite post-coïtale récidivante

Le traitement préventif repose sur la miction post-coïtale, à laquelle peut s’ajouter la fosfomycine à 3 g en dose unique dans les 2 heures suivant le rapport. Cette stratégie cible directement le mécanisme en cause. Elle n’est proposée qu’après confirmation du lien entre rapports et récidives. Elle est discutée avec le médecin au cas par cas.

Pyélonéphrite aiguë : à évoquer devant

La pyélonéphrite aiguë est une infection du rein, plus grave que la cystite. Elle se manifeste par une fièvre supérieure à 38,5 °C avec frissons, une douleur lombaire unilatérale avec ébranlement lombaire douloureux, des signes de cystite associés, parfois absents chez la personne âgée, et des nausées, des vomissements ou une altération de l’état général. Le bilan comprend une NFS, le dosage de la CRP et de la créatinine, des hémocultures si la fièvre dépasse 38,5 °C, un ECBU et un uroscanner sans injection. Le traitement repose sur une antibiothérapie intraveineuse puis un relais oral, par fluoroquinolone ou céphalosporine de troisième génération puis relais adapté, pendant 7 à 14 jours. Des signes de gravité imposent une hospitalisation : sepsis, immunodépression, grossesse, uropathie ou échec d’un traitement ambulatoire.

Alternatives et compléments

Les traitements symptomatiques accompagnent l’antibiothérapie sans la remplacer. Les antalgiques reposent sur le paracétamol, les AINS étant à éviter parce qu’ils peuvent masquer une pyélonéphrite débutante. Les antispasmodiques, comme le phloroglucinol, sont utiles en cas de douleurs sus-pubiennes. L’alcalinisation urinaire, par le bicarbonate ou des préparations à base de citrate, a un effet symptomatique. Une hydratation abondante et la chaleur locale sur le bas-ventre complètent ces mesures de confort.

Idées reçues

Plusieurs idées reçues circulent sur la cystite. Il n’est pas vrai qu’il suffise de boire énormément pour se soigner : l’hydratation aide, mais elle ne remplace pas l’antibiothérapie. Une bandelette négative n’exclut pas totalement la cystite ; c’est vrai dans la grande majorité des cas, mais pas à 100 %, des faux négatifs étant possibles. La canneberge ne « marche » pas à coup sûr, son effet étant modeste et variable. Les rapports sexuels ne sont pas toujours en cause ; ils sont un facteur parmi d’autres. Enfin, l’idée que l’amoxicilline soigne toutes les cystites est fausse, en raison de résistances majeures.

Quand consulter

Des symptômes évocateurs de cystite chez la femme adulte justifient une consultation dans les 24 à 48 heures. Une récidive rapide, ou une cystite chez l’homme, l’enfant, la femme enceinte ou une personne immunodéprimée, appelle une consultation rapide. Une douleur lombaire, une fièvre ou une altération de l’état général imposent une consultation en urgence. Des récidives fréquentes justifient une consultation programmée, pour exploration et prévention. Ces délais correspondent au risque réel de chaque situation, de la gêne passagère à l’infection potentiellement grave.

Conclusion

La cystite aiguë simple est une pathologie très fréquente chez la femme, dont le diagnostic repose sur des symptômes typiques et une bandelette urinaire, et dont le traitement de référence est aujourd’hui la fosfomycine trométamol en dose unique. Les vieilles habitudes, comme l’amoxicilline, sont dépassées en raison des résistances. La distinction avec la cystite compliquée et la pyélonéphrite est cruciale : la fièvre, la douleur lombaire ou tout terrain à risque, grossesse, homme, enfant, immunodépression, doivent orienter vers une prise en charge spécifique. La prévention des récidives, chez les femmes concernées, associe mesures hygiéno-comportementales, hydratation, canneberge ou D-mannose et parfois œstrogènes locaux ou antibioprophylaxie. Une consultation permet d’adapter précisément la stratégie individuelle.

Pour aller plus loin

Plusieurs articles du site prolongent cette présentation. L’article consacré à l’amoxicilline explique pourquoi elle n’est plus recommandée en première intention. La colique néphrétique est un diagnostic différentiel des douleurs urinaires, et la CRP aide à dépister une pyélonéphrite compliquée. Enfin, la candidose est une cause de brûlures pouvant faire évoquer à tort une cystite.

Cet article fournit une information générale et ne constitue pas un avis médical. Toute infection urinaire doit être prise en charge par un professionnel de santé.

Sources scientifiques

1. Hooton TM. Uncomplicated Urinary Tract Infection. NEJM, 2012. NEJM
2. Gupta K, et al. International Clinical Practice Guidelines for the Treatment of Acute Uncomplicated Cystitis. Clinical Infectious Diseases, 2011. Oxford — CID
3. SPILF. Recommandations sur les infections urinaires communautaires. Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française, mise à jour 2018. SPILF / Infectiologie
4. HAS. Prise en charge des infections urinaires de l’adulte. Haute Autorité de Santé. HAS
5. Jepson RG, et al. Cranberries for preventing urinary tract infections. Cochrane Database of Systematic Reviews, 2012. Cochrane Library
6. ANSM. Bon usage des antibiotiques dans les infections urinaires. ANSM. ANSM